a) Area penumpukan barang dan kontainer yang sangat terbatas.
b) Panjang dermaga tidak cukup untuk melayani arus bongkar muat kapal.
c) Fasilitas Cargo Handling yang masih minimal kwalitas dan kwantitasnya.
Beberapa permasalah di atas menyebabkan hal-hal yang dinilai mengurangi efisisensi kinerja Pelabuhan Kota Sorong yang mana dari survei visual dilapangan dampak dari masalah tersebut berupa:
a) Penumpukan jumlah kontainer yang melebihi kapasitas kerja alat cargo handling yang hanya berupa forklift.
b) Terdapat beberapa kapal yang membatalkan bongkar muat barangnya di Pelabuhan Kota Sorong karena diperkirakan harus menunggu waktu yang sangat lama untuk bergantian dengan kapal lainnya yang sedang bongkar muat barang.