Pelaksanaan pengambilan sampel sedimen suspensi dan sedimen dasar dilakukan dengan langkah sebagai berikut:
1. Lokasi penempatan sediment trap dan pengambilan sedimen dasar diusulkan pada pemilik pekerjaan berupa 3 (tiga) titik ke arah laut, tegak lurus pantai dan tiga titk pada arah memanjang pantai.
2. Posisi perletakan sedimen trap dan lokasi pengambilan sedimen dasar diukur menggunakan GPS Hand Garmin.
3. Sedimen trap diletakkan pada lokasi dimana alat tersebut selalu terendam air dan pengambilan hasil dilakukan setiap 24 jam selama 3 x 24 jam.
4. Sampel sedimen suspensi dikumpulkan dalam botol dan ditutup rapat dan diberi label lokasi serta waktu pengambilan kemudian dikirim ke laboratorium untuk dianalisa.
5. Pengambilan sedimen dasar menggunakan sedimen graber dari atas perahu/sekoci dengan interval 250 meter sepanjang pantai dalam area studi.
6. Sampel sedimen dasar dikumpulkan dalam wadah tertutup dari plastik, diberi label lokasi dan waktu pengambilan kemudian dikirim ke laboratorium untuk dianalisa.