Wilayah Kabupaten Kutai Timur terdiri dari daerah daratan dan perairan dimana untuk wilayah daratannya tidak terlepas dari gugusan gunung/pegunungan yang jumlahnya sekitar 8 gunung dengan gunung tertinggi mencapai 2 km yaitu Gunung Menyapa. Sedangkan wilayah perairannya meliputi wilayah laut/pantai, sungai dengan sungai terpanjang yaitu Sungai Kedang Kepala yang terletak di Kecamatan Muara Wahau dengan panjang 319 km, dan danau yang hanya terdapat di Kecamatan Muara Bengkal yaitu Danau Ngayau dan Danau Karang. Untuk wilayah laut, kecamatan yang berbatasan langsung adalah Kecamatan Sangkulirang, Kaliorang, Bengalon dan Sangatta.
Rencana Pelabuhan Maloy terletak pada Kecamatan Sangkulirang, dengan luas wilayah kecamatan 3.522,588 km2 yang telah dimekarkan sejak lahir tahun 2000 menjadi 3 kecamatan yaitu Kecamatan Sangkulirang, Kecamatan Kaliorang, dan Kecamatan Sandaran, namun pada tahun 2005 dimekarkan kembali menjadi 2 kecamatan, yaitu Kecamatan Sangkulirang dan Kecamatan Karangan.
Dari wilayah yang cukup luas, Kecamatan Sangkulirang terdapat pulau-pulau yang terletak di kawasan pesisir pantai di teluk Sangkulirang dan dibelah oleh beberapa sungai sehingga dapat dikatakan 99% jalan laut dan sungai merupakan transportasi utama juga merupakan urat nadi perekonomian bagi masyarakat di 15 desa di dalamnya.