Wilayah Pekalongan merupakan wilayah kerajaan Mataram maka perjalanan sejarah batik Pekalongan tidak lepas dari pengaruh kerajaan Mataram. Pengaruh batik Keraton atau batik pedalalam terhadap sejarah perkembangan batik Pekalongan secara nyata terjadi setelah Perang Diponegoro atau juga disebut Perang Jawa (1825-1830) di kerajaan Mataram. Terjadinya peperangan ini mendesak keluarga kraton serta para pengikutnya banyak yang meninggalkan daerah kerajaan. Mereka kemudian tersebar ke arah Timur dan Barat. Kemudian di daerah-daerah baru itu para keluarga dan pengikutnya mengembangkan batik. Ke timur batik Solo dan Yogyakarta menyempurnakan corak batik yang telah ada di Mojokerto serta Tulungagung hingga menyebar ke Gresik, Surabaya dan Madura. Sedang ke arah Barat batik berkembang di Banyumas, Kebumen, Tegal, Cirebon dan Pekalongan. Produksi batik tidak berhenti walaupun mereka telah tersingkir dari kehidupan kraton sebab batik merupakan sandang yang dipakai sehari-hari sehingga batik merupakan kebutuhan pokok.